Это очень просто. Например, так:
Response.Write("<script>alert('Your message');</script>");Alert появится вместо страницы, по нажатию на Ok загрузится страница.
И еще один способ, используем ScriptManager:
ScriptManager.RegisterStartupScript(this, GetType(), "asyncscript", "alert('Your message');", true);В данном случае загрузится страница, и на ней появится alert.